Le HS3 s'appuie sur le JTAG-HS1 réputé en ajoutant un tampon à collecteur ouvert à la broche 14, permettant le débogage des processeurs Zynq-SOC de Xilinx. Lors de la connexion à un PC grâce à un câble standard A vers micro USB, le JTAG HS3 est alimenté par USB et peut être reconnu comme un câble de programmation Digilent, même si le HS3 n'est pas fixé sur la carte cible. Le bus JTAG peut être partagé avec d'autres dispositifs lorsque les signaux du HS3 sont maintenus en état d'impédance élevée, sauf s'il est actionné de manière active pendant la programmation. Le HS3 est petit et léger, ce qui lui permet d'être bien maintenu en place par le connecteur de la carte système.